CRISPRiスクリーニング ― CRISPR interference
CRISPRノックアウトスクリーニングは、新規薬物ターゲットを同定および検証し、未知の薬物メカニズムを解明するための強力かつ正確なソリューションを提供しましたが、CRISPRノックアウトスクリーンが適用できない生物学的研究があります。
HorizonのCRISPR Interferenceスクリーニング(CRISPRiスクリーニング)は、CRISPRノックアウトスクリーンが適用できない場合に新たな研究手段を提供します。
CRISPRiとは？
CRISPR Interferenceスクリーニングにより、遺伝子発現を完全にノックアウトするのではなく、遺伝子発現の低下を研究することができます。精度の高い、高感度のスクリーニングソリューションを提供します。
適用可能な研究
- 薬剤適性の密接なモデル化
- 必須遺伝子および増幅された遺伝子座の遺伝子の研究
- 非タンパク質コード領域（例：lncRNA）をターゲットとした遺伝子サイレンシング
- orthologousツールを使用したKOスクリーンからのヒットの検証
- 高感度スクリーニングのためにKOスクリーニングまたはCRISPRaスクリーニングと組み合わせた使用
プラットフォーム紹介
CRISPRiスクリーニングプラットフォームは、Horizonの非常に精巧なCRISPR KOスクリーニングプラットフォームに基づいており、現在までに200以上の実績があります。
サービス内容
- プール化レンチウイルスアプローチ
- 最適化された細胞株リストからの選択、またはスクリーニング前の細胞株評価も可能
- ヒト全ゲノムCRISPRaライブラリーまたはカスタムライブラリーから選択可能
- カスタムスクリーニングデザインも可能
- 次世代シークエンシング＋バイオインフォマティクス解析＋ヒットノミネートまで
- 納期：12〜24週間
納品データ
- 阻害 / 活性化により目的の化合物への反応を変化させる遺伝子のリスト
- 実験計画、すべての生データおよび分析データ、および研究の結論を含む最終報告
Webinar
プラットフォームの詳細については、CRISPRiおよびCRISPRaスクリーニングに関するウェビナーをぜひご覧ください。
事例紹介
メラノーマ細胞の全ゲノムCRISPRi抵抗性スクリーニング
目的
BRAF V600E変異を持つA375メラノーマ細胞におけるBRAFキナーゼ阻害剤ベムラフェニブ（PLX-4032）に対する抵抗性因子を同定するための概念実証研究。
方法
- 全ゲノムCRISPRiまたはCRISPRa sgRNAライブラリーを使用
- プール化スクリーニングアプローチ：レンチウイルスライブラリーを細胞へ形質導入を行い、その後選択
- ベムラフェニブによる処理を実施
- 細胞ペレットの回収とサンプル調製
- 次世代シーケンシングおよび、適合したMAGeCKワークフローを使用したデータ分析を実施
結果
- 強調表示されたヒットは、CRISPR KOスクリーニングによって以前に特定および検証されたものでした。
- トップヒットMED12は16,000倍以上に濃縮されていました。
- CRISPRiスクリーニングは非常に高い感度を示しました。
- 複数の新規ヒットも特定されました。
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