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CRISPRiスクリーニング ― CRISPR interference

CRISPRノックアウトスクリーニングは、新規薬物ターゲットを同定および検証し、未知の薬物メカニズムを解明するための強力かつ正確なソリューションを提供しましたが、CRISPRノックアウトスクリーンが適用できない生物学的研究があります。

HorizonCRISPR Interferenceスクリーニング(CRISPRiスクリーニング)は、CRISPRノックアウトスクリーンが適用できない場合に新たな研究手段を提供します。

CRISPRiとは?

CRISPR Interferenceスクリーニングにより、遺伝子発現を完全にノックアウトするのではなく、遺伝子発現の低下を研究することができます。精度の高い、高感度のスクリーニングソリューションを提供します。

適用可能な研究

  • 薬剤適性の密接なモデル化
  • 必須遺伝子および増幅された遺伝子座の遺伝子の研究
  • 非タンパク質コード領域(例:lncRNA)をターゲットとした遺伝子サイレンシング
  • orthologousツールを使用したKOスクリーンからのヒットの検証
  • 高感度スクリーニングのためにKOスクリーニングまたはCRISPRaスクリーニングと組み合わせた使用

プラットフォーム紹介

CRISPRiスクリーニングプラットフォームは、Horizonの非常に精巧なCRISPR KOスクリーニングプラットフォームに基づいており、現在までに200以上の実績があります。

サービス内容
  • プール化レンチウイルスアプローチ
  • 最適化された細胞株リストからの選択、またはスクリーニング前の細胞株評価も可能
  • ヒト全ゲノムCRISPRaライブラリーまたはカスタムライブラリーから選択可能
  • カスタムスクリーニングデザインも可能
  • 次世代シークエンシング+バイオインフォマティクス解析+ヒットノミネートまで
  • 納期:12〜24週間

 

納品データ
  • 阻害 / 活性化により目的の化合物への反応を変化させる遺伝子のリスト
  • 実験計画、すべての生データおよび分析データ、および研究の結論を含む最終報告

 

Webinar

プラットフォームの詳細については、CRISPRiおよびCRISPRaスクリーニングに関するウェビナーをぜひご覧ください。

 

事例紹介

メラノーマ細胞の全ゲノムCRISPRi抵抗性スクリーニング

目的

BRAF V600E変異を持つA375メラノーマ細胞におけるBRAFキナーゼ阻害剤ベムラフェニブ(PLX-4032)に対する抵抗性因子を同定するための概念実証研究。

方法
  • 全ゲノムCRISPRiまたはCRISPRa sgRNAライブラリーを使用
  • プール化スクリーニングアプローチ:レンチウイルスライブラリーを細胞へ形質導入を行い、その後選択
  • ベムラフェニブによる処理を実施
  • 細胞ペレットの回収とサンプル調製
  • 次世代シーケンシングおよび、適合したMAGeCKワークフローを使用したデータ分析を実施
結果
  • 強調表示されたヒットは、CRISPR KOスクリーニングによって以前に特定および検証されたものでした。
  • トップヒットMED12は16,000倍以上に濃縮されていました。
  • CRISPRiスクリーニングは非常に高い感度を示しました。
  • 複数の新規ヒットも特定されました。

 

アプリケーションノートはこちらから

 

 

詳細についてはお問い合わせください。

 

関連リンク

【本社サイト】CRISPRi Screening – CRISPR Interference