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Dharmacon

siGENOME siRNA試薬

2002年の発売開始以来の信頼できる遺伝子ノックダウン試薬

独自のSMARTselectionアルゴリズムによりデザインされたノックダウン効率に優れるスタンダードなsiRNAであり、高い品質のRNAi結果を得るための手頃な価格のsiRNA試薬です。デザイン済みsiGENOME siRNAは、4種類のsiRNAを混合したSMARTpoolフォーマット、または1種類ごとの個別包装であるindividualフォーマットで入手できます。

特長

siGENOME siRNA試薬は、非常に効率的な標的遺伝子ノックダウンを実現する試薬として広く認められ、信頼されています。Horizonの科学者は、強力なノックダウンのためのsiRNAデザインルールを最初に確立し、この分野でイノベーションを推進し続けました。遺伝子をほぼ網羅したSMARTselectionアルゴリズムで設計されたsiRNAが提供されているので、研究者は目的の遺伝子のsiRNA設計の最適化ではなくRNAi実験の成功に集中することができます。

siGENOME siRNAは、ヒト、マウス、ラット用の遺伝子をほぼ網羅したデザイン済みsiRNA試薬です。4種類のsiRNAを混合したSMARTpoolフォーマット、または1種類ごとの個別包装であるindividualフォーマットとして利用できます。ご利用にあたっては、目的遺伝子を検索し、利用可能な製品フォーマットと数量をご選択ください。

  • SMARTpoolおよびindividualフォーマット4つのうち3つによる遺伝子ノックダウンの保証(詳細は、Guaranteeタブをご確認ください)
  • 熱力学的分析とセンス鎖ブロッキング修飾の選択的適用によって保証されたRISCへのアンチセンス鎖のローディング
  • 購入後にsiRNAターゲット配列情報を提供(製品に添付のデーターシートに記載)
最適な遺伝子ノックダウンのための設計および修飾戦略

SMARTselectionアルゴリズムを使用して強力なsiRNAデザインを特定することに加えて、siGENOME siRNAの作製では、以下も採用されています。

  • 効果的なノックダウンのための最適なアンチセンス鎖ローディング特性を決定するための熱力学的分析
  • クロスターゲティングを軽減するための両方の鎖のBLAST分析

より高スコアのsiRNAデザインを保持するために、上記の分析により、センス鎖ブロッキング修飾が使用されることもあり、効果的なターゲットノックダウンのために適切な鎖のみがRISCに入ることが保証されます(Supporting DataのFigure 2を参照してください)。

製品情報

製品 生物種 フォーマット Size
siGENOME Human, Mouse, Rat SMARTpool 5, 10, 20, 50 nmol
Set of 4 2 nmol x 4, 5 nmol x 4,

10 nmol x 4, 20 nmol x 4

Individual 2, 5, 10, 20, 50 nmol
注文数量ガイドライン

siGENOME試薬は、通常5〜25 nMの濃度で使用されます。以下の計算は、25 nMの場合の推定値であり、ピペッティングエラーは考慮されていません。

25 nM siRNA濃度の場合の概算反応(ウェル)数
nmol 96-well plate(100 µL total reaction volume) 24-well plate(500 µL total reaction volume) 12-well plate(1000 µL total reaction volume)
1 400 80 40
2 800 160 80
5 2000 400 200
10 4000 800 400
20 8000 1600 800
製品フォーマット
  • SMARTpool:標的遺伝子に対して設計した配列の異なる4種類のsiRNAを1本のチューブに混合したフォーマット。ノックダウン効率と特異性の両方で優れています。
  • Set of 4:1つの遺伝子に対して設計した配列の異なる4種類のsiRNAをそれぞれ個別のチューブに入れ、チューブ4本で1セットとしたフォーマット
  • Individual siRNAs:1種類(チューブ1本)ごとの個別包装で、実験に合わせて1、2、3または4つの個々の個々のsiRNAを選択できます。

サポートデータ

siGENOME SMARTpool試薬は、5 nMの作業濃度で効力を示す

5 nM working concentration

5および100 nM濃度での標的遺伝子ノックダウンの比較は、siGENOME SMARTpool試薬の高い効力を示しています。示された遺伝子を標的とする5または100 nM siGENOME SMARTpool siRNA試薬を、HeLa細胞(10,000細胞/ウェル)に0.1 μL/ウェルのDharmaFECT 1を使用してトランスフェクトしました。ネガティブコントロール(NTCプール)はsiGENOME Non-Targeting Pool #2を使用しました。


不必要なセンス鎖の不活性化は、オフターゲット活性を増加させる可能性がある

increase off-target activity

未修飾およびセンス鎖不活化siRNAを使用して5つの遺伝子を標的としました。4つの遺伝子では、センス鎖が修飾されたときにアンチセンス鎖のRISCローディングが強化されたため、オフターゲットが増加しました。未修飾のsiRNAは自然なガイド鎖ローディング特性を持っています。すべてのsiRNAは同等のノックダウン効力を持っていました。示されているデータは、2倍以上ダウンレギュレーションされている遺伝子を表しています。HEK293細胞は、0.2 μLのDharmaFECT 1を使用して100 nM siRNAでトランスフェクトされました。データは、ゲノムワイドマイクロアレイ分析(Agilent)によって24時間で分析されました。

適切な鎖のローディングを確実にするために、なぜすべてのsiGENOME siRNAを修飾しないのか?アンチセンス(ガイド)鎖をRISCに強制的に入れると、ガイド鎖のローディングが増加し、そのシード領域によるオフターゲット活性が生じるため、実際にオフターゲットの増加する可能性のあることが、Dharmaconの研究者(参考文献1)およびその他の研究者(参考文献2)によって実証されています。siGENOME siRNAは、熱力学的特性を備えて設計されており、RISCへのガイド鎖の侵入を自然に促進します。これは機能と相関することが実証されています(参考文献1)。ただし、高スコアのsiGENOME siRNAが理想的な鎖ローディング特性を持たない場合は、センス(パッセンジャー)鎖阻害化学修飾(ON-TARGET)を使用してガイド鎖の侵入を促進します。siGENOME siRNAの約20%がON-TARGET修飾を持っています。


マイクロアレイ分析:SMARTpoolの効力とオフターゲットの減少

SMARTpool potency

SMARTpool siRNA試薬を使用すると、構成される4つの個別のsiRNAと比較して、標的遺伝子のノックダウンが維持され、オフターゲット効果が低減します。

マイクロアレイ用の全RNAは、トランスフェクションの24時間後にHeLa細胞から抽出しました。緑は、mRNAが2倍以上減少したことを示します(Agilent 22Kプラットフォーム)。

各種資料 / 情報

DharmaFECTを用いた一般的なトランスフェクション法

siRNA/microRNA試薬再溶解プロトコル(チューブ用)

ビデオ:siRNA/microRNA試薬再溶解プロトコル(4分17秒)

siRNA、crRNAおよびtracrRNA、化学合成microRNA mimicおよびhairpin inhibitor、カスタムRNAの再溶解方法をビデオで説明しています。

関連リンク

【本社サイト】siGENOME siRNA

コントロールsiRNA

DharmaFECTトランスフェクション試薬

DharmaFECT 1~4は、細胞にあわせて最適条件で使い分ける4種類の低分子RNA(crRNA、tracrRNAを含む)用トランスフェクション試薬です。