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Dharmacon

On-TARGETplus siRNA

特異性を高めるためにデザインおよび修飾されたsiRNA

  • ノックダウン効率に優れたsiRNA
  • オフターゲットを軽減するために特許取得済みの修飾が施されています。
  • ヒト、マウス、またはラット用の4種類のsiRNAを混合したSMARTpoolフォーマット、または1種類ごとの個別包装であるindividualフォーマットで入手できます。

特長

標的遺伝子の機能を確実にノックダウンする

特異性を高めるための特許取得済みのON-TARGETplus修飾は、独自のSMARTselectionアルゴリズムと組み合わせることで、高効率な標的遺伝子ノックダウンを実現できます。ON-TARGETplus siRNA は最適なノックダウンとオフターゲットの低減のためのプレミアムな選択肢です。

ヒト、マウス、およびラット用の遺伝子をほぼ網羅したデザイン済みsiRNA試薬

  • 未修飾siRNAと比較してオフターゲット効果を最大90％低減しています。
  • SMARTpoolおよびindividual siRNAの4つのうち3つによる遺伝子ノックダウンの保証（詳細は、Guaranteeタブをご確認ください）
  • 購入後にsiRNAターゲット配列情報を提供（製品に添付のデーターシートに記載）
ON-TARGETplusテクノロジー

二本鎖メカニズムには二本鎖ソリューションが必要です

Dharmaconの科学者と共同研究者は、2006年にsiRNAオフターゲットがアンチセンスシード領域の相互作用によって媒介されることを実証し、二本鎖修飾パターンの開発を開始しました（参考文献1）。

  • センス鎖は、RISCとの相互作用を防ぎ、アンチセンス鎖の取り込みを促進するように修飾されています。
  • アンチセンス鎖シード領域は修飾されることにより、オフターゲット活性を不安定にし、ターゲット特異性を高めます。

 

siRNAデザインのシード領域分析により、miRNAが誘導するオフターゲットが低減します

Dharmaconの研究グループからの画期的な出版物は、オフターゲットの媒介におけるシード領域の重要な役割を実験的に実証した最初のものでした（参考文献2）。その後の2008年の論文は、オフターゲットを引き起こす可能性の指標として、3’UTRにおけるシード頻度の重要性を示しました（参考文献3）。これらの原則はその後、特異性を改善するためにsiRNAデザインに適用されました。

  • デザインフィルターは、miRNA様のオフターゲットを引き起こす可能性のある一般的なシード領域を排除します。
  • siRNAデザインのシード頻度分析はオフターゲット効果を最小限に抑えます。

製品情報

製品 生物種 フォーマット Size
On-TARGETplus Human, Mouse, Rat SMARTpool 5, 10, 20, 50 nmol
Set of 4 2 nmol x 4, 5 nmol x 4,10 nmol x 4, 20 nmol x 4
Individual 2, 5, 10, 20, 50 nmol
注文数量ガイドライン

ON-TARGETplus試薬は、通常5〜25 nMの濃度で使用されます。以下の計算は、25 nMの場合の推定値であり、ピペッティングエラーは考慮されていません。

25 nM siRNA濃度の場合の概算反応（ウェル）数
nmol 96-well plate (100 µL total reaction volume) 24-well plate (500 µL total reaction volume) 12-well plate (1000 µL total reaction volume)
1 400 80 40
2 800 160 80
5 2000 400 200
10 4000 800 400
20 8000 1600 800
製品フォーマット
  • SMARTpool：標的遺伝子に対して設計した配列の異なる4種類のsiRNAを1本のチューブに混合したフォーマット。ノックダウン効率と特異性の両方で優れています。
  • Set of 4：1つの遺伝子に対して設計した配列の異なる4種類のsiRNAをそれぞれ個別のチューブに入れ、チューブ4本で1セットとしたフォーマット
  • Individual siRNA： 1種類（チューブ1本）ごとの個別包装で、実験に合わせて個々のsiRNAを選択できます。

    サポートデータ

    ON-TARGETplus修飾により、オフターゲットの総数が低減し、siRNAの混合により、オフターゲットがさらに減少する

    パネル（A）および（B）は、（A）単一のsiRNAおよび（B）SMARTpool試薬にON-TARGETplus修飾を適用した場合と適用しない場合のオフターゲットシグネチャの代表的な例です。緑のバーは、図に示されたsiRNA試薬で処理した場合に発現が2倍以上減少した遺伝子を示します。ON-TARGETplus修飾は、修飾されていないsiRNAと比較してオフターゲットを低減させました。siRNAのプール化およびON-TARGETplus修飾の導入は、オフターゲット遺伝子ノックダウンの減少に、独立的に、あるいは共同して寄与します。パネル（C）は、10個の異なる遺伝子（遺伝子あたり4種類のsiRNAまたは4種類のsiRNAを1本のチューブに混合したSMARTpool試薬）を標的とする図に示されたsiRNA試薬によって誘導されるオフターゲット（2倍以上のダウンレギュレーション）の定量結果を表しています。オフターゲットは、マイクロアレイ分析（Agilent）を使用して定量化され、コンパイルされました。影付きの各ボックスは、データセットの中央の50％を表します。
    ボックス内の水平線：データセットの中央値
    縦棒：最小および最大のデータ値

    オフターゲットによる偽の表現型は、ターゲット遺伝子のノックダウンが維持されたままで、ON-TARGETplus SMARTpool試薬によって低減される

    細胞遊走に対するARPC1B遺伝子のノックダウンの効果を、乳がん細胞株で研究しました。細胞の単層を均一にこすり取り、こすり箇所を閉じる（創傷治癒）ための細胞遊走の速度を評価しました。未修飾およびON-TARGETplus siRNA試薬の両方を用いて、標的遺伝子の強力なノックダウンを誘導しました。未修飾の個々のsiRNAを細胞に導入した場合では、オフターゲット効果（赤い輪郭）による一貫性のない表現型が観察されました。未修飾のSMARTpoolは偽の表現型をかなりの程度まで改善しましたが、ON-TARGETplus SMARTpoolはオフターゲット効果を大幅に軽減し、一貫した表現型を生成しました。

    Kaylene Simpson, Laura Selfors, and Joan Brugge, Harvard Medical Schoolとの共同研究

    ON-TARGETplus修飾パターンのみがプレミアムサイレンシングのために両方のsiRNA鎖に対応する

    ON-TARGETplus二本鎖化学修飾は、センス（パッセンジャー）鎖がRISCに取り込まれるのをブロックし、アンチセンス（ガイド）鎖のRISCへのローディングを促進することにより、まずセンス鎖によって誘発されるオフターゲットを低減します。しかしながら、siRNAオフターゲットの大部分は、ガイド鎖のシード領域によって駆動されます。ON-TARGETplus修飾はシード領域内に施され、miRNA様の活性を不安定にし、標的遺伝子に対する特異性を向上させます。

    低頻度のシード領域を持つsiRNA配列の使用により、オフターゲットが少なくなる

    ON-TARGETplus siRNAデザインは、高度少なくなります。低、中、または高頻度のシード領域を持つ5つのsiRNAをHeLa細胞にトランスフェクトし、それらに関連するオフターゲットシグネチャをグローバル発現プロファイリング（Agilent 22Kプラットフォーム）で評価しました。siRNA配列は1位と8-19位で一定であり、シード領域（2-7位）のみが変更されました。

    低頻度シード：HeLaトランスクリプトームで350回未満

    中頻度：2500〜2800回

    高頻度：> 3800回

    ON-TARGETplus siRNA二本鎖修飾パターンにより、オフターゲットが低減する

    2006年の論文は、オフターゲット効果が主にアンチセンス鎖シード活性によって引き起こされることを示しています（Referenceタブ、参考文献2を参照）。したがって、センス鎖の不活性化だけでは、オフターゲット遺伝子の総数は減少しません。

    ON-TARGETplusの修飾は、センス鎖・アンチセンス鎖両方の鎖に施されます。

    • センス鎖は、RISCとの相互作用を防ぎ、アンチセンス鎖の取り込みを促進するように修飾されています。
    • アンチセンス鎖シード領域は、シード関連のオフターゲットを最小限に抑えるように修飾されています。

     

    ON-TARGETplusの修飾パターンは、オフターゲットを劇的に減らします。図に示されたsiRNAによって誘発されたオフターゲット効果を、マイクロアレイ分析を使用して定量化しました。各ターゲットに対して、3種類の異なるsiRNA（未修飾、センス鎖不活性化、およびON-TARGETplus修飾）を使用しました。示されているデータは、2倍以上ダウンレギュレーションされている遺伝子を表しています。HEK293細胞は、0.2μLのDharmaFECT 1を使用して100 nM siRNAでトランスフェクトしました。データは24時間分析しました。

    各種資料 / 情報

    DharmaFECTを用いた一般的なトランスフェクション法

    siRNA/microRNA試薬再溶解プロトコル（チューブ用）

    ビデオ：siRNA/microRNA試薬再溶解プロトコル（4分17秒）

    siRNA、crRNAおよびtracrRNA、化学合成microRNA mimicおよびhairpin inhibitor、カスタムRNAの再溶解方法をビデオで説明しています。

    アプリケーションノート：Off-target effects（英語）

    関連リンク

    【本社サイト】On-TARGETplus siRNA

    コントロールsiRNA

    DharmaFECTトランスフェクション試薬

    DharmaFECT 1～4は、細胞にあわせて最適条件で使い分ける4種類の低分子RNA（crRNA、tracrRNAを含む）用トランスフェクション試薬です。