On-TARGETplus siRNA
特異性を高めるためにデザインおよび修飾されたsiRNA
- ノックダウン効率に優れたsiRNA
- オフターゲットを軽減するために特許取得済みの修飾が施されています。
- ヒト、マウス、またはラット用の4種類のsiRNAを混合したSMARTpoolフォーマット、または1種類ごとの個別包装であるindividualフォーマットで入手できます。
特長
標的遺伝子の機能を確実にノックダウンする
特異性を高めるための特許取得済みのON-TARGETplus修飾は、独自のSMARTselectionアルゴリズムと組み合わせることで、高効率な標的遺伝子ノックダウンを実現できます。ON-TARGETplus siRNA は最適なノックダウンとオフターゲットの低減のためのプレミアムな選択肢です。
ヒト、マウス、およびラット用の遺伝子をほぼ網羅したデザイン済みsiRNA試薬
- 未修飾siRNAと比較してオフターゲット効果を最大90%低減しています。
- SMARTpoolおよびindividual siRNAの4つのうち3つによる遺伝子ノックダウンの保証(詳細は、本社サイトGuaranteeタブをご確認ください)
- 購入後にsiRNAターゲット配列情報を提供(製品に添付のデーターシートに記載)
ON-TARGETplusテクノロジー
二本鎖メカニズムには二本鎖ソリューションが必要です
Dharmaconの科学者と共同研究者は、2006年にsiRNAオフターゲットがアンチセンスシード領域の相互作用によって媒介されることを実証し、二本鎖修飾パターンの開発を開始しました(参考文献1)。
- センス鎖は、RISCとの相互作用を防ぎ、アンチセンス鎖の取り込みを促進するように修飾されています。
- アンチセンス鎖シード領域は修飾されることにより、オフターゲット活性を不安定にし、ターゲット特異性を高めます。
siRNAデザインのシード領域分析により、miRNAが誘導するオフターゲットが低減します
Dharmaconの研究グループからの画期的な出版物は、オフターゲットの媒介におけるシード領域の重要な役割を実験的に実証した最初のものでした(参考文献2)。その後の2008年の論文は、オフターゲットを引き起こす可能性の指標として、3’UTRにおけるシード頻度の重要性を示しました(参考文献3)。これらの原則はその後、特異性を改善するためにsiRNAデザインに適用されました。
- デザインフィルターは、miRNA様のオフターゲットを引き起こす可能性のある一般的なシード領域を排除します。
- siRNAデザインのシード頻度分析はオフターゲット効果を最小限に抑えます。
製品情報
製品 | 生物種 | フォーマット | Size |
---|---|---|---|
On-TARGETplus | Human, Mouse, Rat | SMARTpool | 5, 10, 20, 50 nmol |
Set of 4 | 2 nmol x 4, 5 nmol x 4,10 nmol x 4, 20 nmol x 4 | ||
Individual | 2, 5, 10, 20, 50 nmol |
注文数量ガイドライン
ON-TARGETplus試薬は、通常5〜25 nMの濃度で使用されます。以下の計算は、25 nMの場合の推定値であり、ピペッティングエラーは考慮されていません。
25 nM siRNA濃度の場合の概算反応(ウェル)数 | |||
---|---|---|---|
nmol | 96-well plate (100 µL total reaction volume) | 24-well plate (500 µL total reaction volume) | 12-well plate (1000 µL total reaction volume) |
1 | 400 | 80 | 40 |
2 | 800 | 160 | 80 |
5 | 2000 | 400 | 200 |
10 | 4000 | 800 | 400 |
20 | 8000 | 1600 | 800 |
製品フォーマット
SMARTpool:標的遺伝子に対して設計した配列の異なる4種類のsiRNAを1本のチューブに混合したフォーマット。ノックダウン効率と特異性の両方で優れています。
- Set of 4:1つの遺伝子に対して設計した配列の異なる4種類のsiRNAをそれぞれ個別のチューブに入れ、チューブ4本で1セットとしたフォーマット
- Individual siRNA: 1種類(チューブ1本)ごとの個別包装で、実験に合わせて個々のsiRNAを選択できます。
サポートデータ
ON-TARGETplus修飾により、オフターゲットの総数が低減し、siRNAの混合により、オフターゲットがさらに減少する
パネル(A)および(B)は、(A)単一のsiRNAおよび(B)SMARTpool試薬にON-TARGETplus修飾を適用した場合と適用しない場合のオフターゲットシグネチャの代表的な例です。緑のバーは、図に示されたsiRNA試薬で処理した場合に発現が2倍以上減少した遺伝子を示します。ON-TARGETplus修飾は、修飾されていないsiRNAと比較してオフターゲットを低減させました。siRNAのプール化およびON-TARGETplus修飾の導入は、オフターゲット遺伝子ノックダウンの減少に、独立的に、あるいは共同して寄与します。パネル(C)は、10個の異なる遺伝子(遺伝子あたり4種類のsiRNAまたは4種類のsiRNAを1本のチューブに混合したSMARTpool試薬)を標的とする図に示されたsiRNA試薬によって誘導されるオフターゲット(2倍以上のダウンレギュレーション)の定量結果を表しています。オフターゲットは、マイクロアレイ分析(Agilent)を使用して定量化され、コンパイルされました。影付きの各ボックスは、データセットの中央の50%を表します。
ボックス内の水平線:データセットの中央値
縦棒:最小および最大のデータ値
オフターゲットによる偽の表現型は、ターゲット遺伝子のノックダウンが維持されたままで、ON-TARGETplus SMARTpool試薬によって低減される
細胞遊走に対するARPC1B遺伝子のノックダウンの効果を、乳がん細胞株で研究しました。細胞の単層を均一にこすり取り、こすり箇所を閉じる(創傷治癒)ための細胞遊走の速度を評価しました。未修飾およびON-TARGETplus siRNA試薬の両方を用いて、標的遺伝子の強力なノックダウンを誘導しました。未修飾の個々のsiRNAを細胞に導入した場合では、オフターゲット効果(赤い輪郭)による一貫性のない表現型が観察されました。未修飾のSMARTpoolは偽の表現型をかなりの程度まで改善しましたが、ON-TARGETplus SMARTpoolはオフターゲット効果を大幅に軽減し、一貫した表現型を生成しました。
Kaylene Simpson, Laura Selfors, and Joan Brugge, Harvard Medical Schoolとの共同研究
ON-TARGETplus修飾パターンのみがプレミアムサイレンシングのために両方のsiRNA鎖に対応する
ON-TARGETplus二本鎖化学修飾は、センス(パッセンジャー)鎖がRISCに取り込まれるのをブロックし、アンチセンス(ガイド)鎖のRISCへのローディングを促進することにより、まずセンス鎖によって誘発されるオフターゲットを低減します。しかしながら、siRNAオフターゲットの大部分は、ガイド鎖のシード領域によって駆動されます。ON-TARGETplus修飾はシード領域内に施され、miRNA様の活性を不安定にし、標的遺伝子に対する特異性を向上させます。
低頻度のシード領域を持つsiRNA配列の使用により、オフターゲットが少なくなる
ON-TARGETplus siRNAデザインは、高度少なくなります。低、中、または高頻度のシード領域を持つ5つのsiRNAをHeLa細胞にトランスフェクトし、それらに関連するオフターゲットシグネチャをグローバル発現プロファイリング(Agilent 22Kプラットフォーム)で評価しました。siRNA配列は1位と8-19位で一定であり、シード領域(2-7位)のみが変更されました。
低頻度シード:HeLaトランスクリプトームで350回未満
中頻度:2500〜2800回
高頻度:> 3800回
ON-TARGETplus siRNA二本鎖修飾パターンにより、オフターゲットが低減する
2006年の論文は、オフターゲット効果が主にアンチセンス鎖シード活性によって引き起こされることを示しています(Referenceタブ、参考文献2を参照)。したがって、センス鎖の不活性化だけでは、オフターゲット遺伝子の総数は減少しません。
ON-TARGETplusの修飾は、センス鎖・アンチセンス鎖両方の鎖に施されます。
- センス鎖は、RISCとの相互作用を防ぎ、アンチセンス鎖の取り込みを促進するように修飾されています。
- アンチセンス鎖シード領域は、シード関連のオフターゲットを最小限に抑えるように修飾されています。
ON-TARGETplusの修飾パターンは、オフターゲットを劇的に減らします。図に示されたsiRNAによって誘発されたオフターゲット効果を、マイクロアレイ分析を使用して定量化しました。各ターゲットに対して、3種類の異なるsiRNA(未修飾、センス鎖不活性化、およびON-TARGETplus修飾)を使用しました。示されているデータは、2倍以上ダウンレギュレーションされている遺伝子を表しています。HEK293細胞は、0.2μLのDharmaFECT 1を使用して100 nM siRNAでトランスフェクトしました。データは24時間分析しました。
各種資料 / 情報
DharmaFECTを用いた一般的なトランスフェクション法
siRNA/microRNA試薬再溶解プロトコル(チューブ用)
ビデオ:siRNA/microRNA試薬再溶解プロトコル(4分17秒)
siRNA、crRNAおよびtracrRNA、化学合成microRNA mimicおよびhairpin inhibitor、カスタムRNAの再溶解方法をビデオで説明しています。
アプリケーションノート:Off-target effects(英語)
関連リンク
【本社サイト】On-TARGETplus siRNA
コントロールsiRNA
DharmaFECTトランスフェクション試薬
DharmaFECT 1~4は、細胞にあわせて最適条件で使い分ける4種類の低分子RNA(crRNA、tracrRNAを含む)用トランスフェクション試薬です。