SMARTvector Lentiviral shRNA
プール化スクリーニング用ライブラリー

最適化された機能分析スクリーニングのための恒常発現用shRNAです。

プロモーターと蛍光レポーターは選択でき、分裂細胞または非分裂細胞で数百～数千のshRNAの機能スクリーニングを実行します。

特長

信頼性の高い機能分析スクリーニングを得るための最適なshRNA発現

Horizonの最先端のshRNAプラットフォームであるSMARTvector Lentiviral shRNAは、プロモーターとレポーター選択が柔軟であり、最先端の合理的な設計アルゴリズムと組み合わせて、ヒト、マウス、およびラットのタンパク質コードおよび長い非コード遺伝子の完全なゲノムをターゲットにします。

プール化Lentiviralライブラリーは、多数の遺伝子をスクリーニングするための効率的で費用効果の高い方法を提供します。ライブラリーの構築、プーリング技術、およびハイスループットシーケンス対応のスクリーニングワークフローは、再現性と正確なヒット識別を確実にするために実験的に検証されています。プール化Lentiviralスクリーニングライブラリーページで、最適なライブラリー設計とプール化スクリーニングワークフローについて学ぶことができます。

Highlights：

• SMARTvector Lentiviral shRNAによる強力なshRNA発現のための革新的なベクター設計
• SMARTchoiceオプションでは、プロモーター^＊とレポーター（または非搭載）を選択して、実験のパフォーマンスを最適化
• ノックダウンを最大化し、オフターゲットを最小化する合理的に設計されたshRNA

 

Tet-On®3Gトランスアクチベータータンパク質による厳密な発現制御が必要な場合は、SMARTvector Inducible Lentiviral shRNAを選択してください。

^＊ 一部のプロモーターオプションは、カスタム試薬として、またはリクエストに応じてのみ利用できる場合があります。

製品情報

各SMARTvector Lentiviral shRNAライブラリーには、以下が含まれます。

• レンチウイルス粒子

• • 5000 コンストラクト以下の場合：ライブラリー総量200 μL(8 x 25 μL), 5 x 10^8 TU / mL±20％
  • 5001 コンストラクト以上の場合：ライブラリー総量400 μL(16 x 25 μL), 5 x 10^8 TU / mL±20％

• 100のnon-targetingコントロールコンストラクトを含む
• 遺伝子特異的コントロールとして34のヒトまたはマウスのタンパク質コード遺伝子を標的とする272のコンストラクト（遺伝子あたり8つのshRNA）を含む（一般的なリファレンス遺伝子（PPIB, GAPD, Actin, Lamin）および生存関連遺伝子が含まれます）。
• コンストラクト配列、ターゲット遺伝子ID、数百万のマッピングされたリードごとのカウントを含むデータファイル

 

SMARTvector Lentiviral shRNAライブラリーコレクション

SMARTvector Lentiviral shRNAライブラリーは、ヒトおよびマウスの遺伝子ファミリーまたは定義されているサブライブラリーから全ゲノムまでご用意しています。ラットライブラリーおよびカスタムSMARTvector Lentiviral shRNAコレクションは、ご要望に応じてご用意可能です。

shRNAのカスタムSMARTvector Lentiviral shRNAコレクション

• 50～10,000のコンストラクトのプールとしてご利用いただけます。
• 精製、濃縮レンチウイルス粒子
• 恒常的発現ベクター力価：5 x 10^8 TU / mL以上

 

ご注文前に、以下の資料より、プール化Lentiviral shRNAスクリーニングを慎重に計画し、必要なコンポーネントの量を計算してください。

• SMARTvector & shMIMIC lentiviral pooled libraries technical manual
• Pooled Lentiviral Screening Laboratory Protocols & Calculation Tracking Worksheet

 

検証済みのプロトコールで必要な試薬：

• トランスダクションの最適化のための、適切なSMARTvector non-targetingコントロール
• SMARTvector Indexing PCR and Sequencing Primer Kits（AおよびB）：12種類のユニークなインデックスプライマーを含み、以下のような実験に最適化され実験的に検証されています。

• • 最小限のバイアスでゲノムDNAを効率的にPCR増幅
  • ヒット識別のための高スループット多重化次世代シーケンシング

 

SMARTvector Lentiviral shRNAプールライブラリーカバレッジ *：

	Human		Mouse
コレクション	ターゲット 遺伝子数	プール数 x プール当たりのコンストラクト数	ターゲット 遺伝子数	プール数 x プール当たりのコンストラクト数
Whole Genome	19,241	16プール x 9513	21,745	18プール x 9,502
Druggable Genome	7,341	6プール x 9,735	9,723	8プール x 9,670
GPCR	377	1プール x 3,012	494	1プール x 3,909
Ion Channel	340	1プール x 2,709	332	1プール x 2,646
Phosphatase	245	1プール x 1,948	268	1プール x 2,141
Protease	466	1プール x 3,702	529	1プール x 4,206
Protein Kinase	702	1プール x 5,602	697	1プール x 5,558
Ubiquitin Conjugate	557	1プール x 4,431	511	1プール x 4,069
Apoptosis	**
Cell cycle regulation	**
De-ubiquitinating enzymes	**
Membrane trafficking	**
DNA damage response	**
Epigenetics	**
Nuclear receptor	**
Transcription factors	**

* アノテーションはRefSeq v65に基づいています。 カバレッジとshRNA数は予告なく変更する場合があります。

** クローンと遺伝子の数はお問い合わせください。

 

重要なお知らせ

SMARTvector Lentiviral shRNAプールライブラリーは、以下に記載されている封じ込め措置および適用される法律と規制が満たされているラボでの（製品の利用規約に記載されている）内部研究での使用のみを目的としています。試薬は、診断、治療、またはその他の商業目的で使用することはできません。また、いかなる目的でもヒトに、治療目的で動物に投与することはできません。 SMARTvector Lentiviral shRNAのプール化ライブラリーは、複製能が欠損し、自己不活化（SIN）で非病原性（感染性のヒト疾患を引き起こさない）のレンチウイルス粒子として提供されます。

レンチウイルス粒子試薬を購入した研究者は、レンチウイルスベクター粒子の取り扱いに関する特定のガイドラインについて、所属機関の健康およびバイオセーフティ担当者に相談する責任があります。さらに、各研究者は、使用する研究に必要な許可を取得した上で、自己不活化（SIN）レンチウイルスベクターおよび自己複製能欠損レンチウイルス粒子を地域の管轄区域および機関に受け入れる責任を負います。

 

プール化スクリーニング用SMARTvector Lentiviral shRNAデザイン

ベクター中の要素	説明
5′ LTR	5′ long terminal repeat
Ψ	Psi パッケージングシグナル配列
RRE	Rev response element （完全長ウイルスゲノムのパッケージング効率を向上）
SMARTchoice promoters	7種類のプロモーターから選択可能
tGFP	遺伝子形質導入と発現の確認マーカー（TurboGFP遺伝子）
tRFP	遺伝子形質導入と発現の確認マーカー（TurboRFP遺伝子）
IRES	Internal ribosome entry site（リボソームが結合するサイト。TurboGFP/TurboRFPおよびPuromycin耐性遺伝子をコードする転写産物の翻訳を実現）
PuroR	Puromycin耐性遺伝子 （ベクターの導入された哺乳動物細胞の選別用マーカー）
SMARTvector universal scaffold	内在性のmicroRNA 転写産物を模倣するようにデザイン
WPRE	Woodchuck hepatitis posttranscriptional regulatory element （導入遺伝子の発現を促進）
3′ SIN LTR	3′ 末端の自己不活性化（self inactivating） long terminal repeat

サポートデータ

SMARTvectorプール化スクリーニングワークフロー

アッセイの開発と最適化：最適な実験条件を確立します。これには、a）レンチウイルスの形質導入、b）選択圧やアッセイ時間などのスクリーニングパラメーターが含まれます。
一次スクリーニング：細胞当たり１つのshRNAコンストラクトを発現させるために、低MOIでレンチウイルスプールを細胞に形質導入します。レンチウイルスの感染した細胞を、対照用サンプルと選択圧をかける処理用サンプルに分けます。処理用サンプルに選択圧をかけた後、対照用サンプルおよび処理用サンプルの細胞それぞれからゲノムDNAを抽出します。イルミナに適合したプライマーとPhusion Hot-Start II High Fidelity DNA Polymeraseを使用して、ゲノム中に挿入されたshRNAコンストラクト配列をPCR増幅し、アダプター付加
したPCR増幅断片をillumina flow cellに固定化します。結果的に生じるア
ンプリコンをIlluminaシークエンサーによりシークエンシングします。
ヒットの識別とフォローアップ：コンストラクト配列を、対照用サンプルおよび処理用サンプルで識別します。スクリーン中に濃縮または枯渇したコンストラクトはヒットとして識別され、それらがターゲットとする遺伝子が識別されます。ヒットは、Dharmaconカタログコレクションから注文できる個別の構成要素を使用してさらに確認および調査できます。

その他のサポートデータはコチラから本社サイトをご覧ください。

参考文献

Ž. Strezoska, A. Licon, Optimized PCR Conditions and Increased shRNA Fold Representation Improve Reproducibility of Pooled shRNA Screens. PLoS One 7, e42341 (2012).

各種資料 / 情報

• プロトコール：Bioinformatic Analysis of Pooled Lentiviral Library Screens（英語）
• プロトコール：哺乳動物細胞の抗生物質選択のための用量反応曲線（キル曲線）（英語）
• Product data：Pooled Screening Protocol Tracking Worksheet
• テクニカルマニュアル：SMARTvector shRNA and shMIMIC microRNA Lentiviral Pooled Screening Libraries

関連リンク

【本社サイト】SMARTvector lentiviral shRNA pooled libraries