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Edit-R
CRISPRスクリーニングライブラリー

プール化(pooled)sgRNAまたはアレイ化(arrayed)crRNAによってハイスループットゲノム編集実験が可能となります。

アレイ化(arrayed)crRNAは、マルチパラメーターの表現型解析、ハイコンテント表現型解析や形態学的またはレポーターアッセイなどを含むシングルウェルで行う様々な表現型アッセイを可能にします。

機能喪失スクリーニングは、遺伝子機能および相互作用を発見するための強力な前向き遺伝的アプローチです。多数のターゲット遺伝子に対応した多種類のsgRNA発現用レンチウイルス粒子を混合したプール化sgRNAライブラリーは、DNAレベルで数百、数千の遺伝子をノックアウトする機能喪失スクリーニングを、NGSを用いることによって大規模なインフラを必要とせずに簡素化しました。

特長

豊富な組み合わせ済ライブラリーとカスタムライブラリー

遺伝子ファミリー全体、Druggable、または生物学的パスウェイ研究用の組み合わせ済ライブラリーをご用意しています。カスタムライブラリーはCherry-Pick library toolで遺伝子名やリストをアップロードすることにより簡単にライブラリーを作成しオーダーすることができます。

遺伝子ノックアウト効率と特異性の高いCRISPR-Cas9ライブラリー

アレイ化およびプール化ライブラリーはいずれも、Horizonのアルゴリズム(Edit-R algorithm)による遺伝子ノックアウト効率と特異性の高いデザイン済みガイドRNAでライブラリー化されています。

製品情報

Edit-R synthetic sgRNA (化学合成sgRNA)ライブラリー

  • シングルガイドフォーマットで、複雑でゲノム編集が難しい細胞タイプに適しています。
  • デザインアルゴリズムは、タンパク質の機能的なノックアウトの可能性を最大化すると同時に、厳密な特異性チェックによりオフターゲット編集を最小限に抑えます。ヌクレアーゼ耐性を改善するために化学修飾がされています。
  • 信頼性の高い表現型解析のために、遺伝子ごとに3つのユニークなsgRNAデザインがプールされています。
  • 遺伝子ファミリーコレクションが、96または384ウェルプレートで提供されます。
  • 包装容量は10.250.5 nmol から選択可能です。
  • 製品形態は凍結乾燥品です。
ヒト
製品 遺伝子数*
Whole Genome 19037
Druggable Genome 8340
GPCRs 390
Ion Channels 417
Phosphatases 256
Proteases 527
Protein Kinases 746
Ubiquitin Enzymes 738
Transcription Factors 1580
Drug Targets 3686

 参照するデータベースにより予告なく変更になる場合があります。

Cherry-Pick synthetic sgRNAライブラリー

お客様が選択した遺伝子に対するデザイン済みEdit-R synthetic sgRNA (化学合成sgRNA)を、96あるいは384ウェルプレートに分注してお届けするサービスです。

  • Cherry-pick library toolは、お客様独自の実験ニーズに合わせてフレキシブルにライブラリーを構築し、プレートレイアウトをカスタマイズできます。
  • ご希望のウェルにコントロールを追加できます。
  • 遺伝子あたり3種類のデザイン済みsynthetic sgRNAを混合したPoolフォーマットと、1配列毎に分注したIndividualフォーマットがあります。Individualフォーマットは1遺伝子につき13配列から選択できます。
  • 最低注文数:20ウェル分の製品(96ウェルプレートの場合)、40ウェル分の製品(384ウェルプレートの場合)
  • 製品形態は凍結乾燥品です。

 

製品 生物種 Size
Pool: Edit-R synthetic sgRNA Cherry-pick Library(3配列の混合物/ウェル) Human 0.1, 0.25, 0.5, 1.0 nmol

(1 poolあたり)

Individual: Edit-R synthetic sgRNA Cherry-pick Library(1配列/ウェル) 0.1, 0.25, 0.5, 1.0 nmol

(1 配列あたり)

 

Edit-R CRISPR (knockout) crRNAライブラリー

より堅牢で信頼性の高い遺伝子ノックアウトのために、Edit-R algorithmによる遺伝子ノックアウト効率と特異性の高いデザイン済みEdit-R CRISPR (knockout) crRNA(化学合成品)から選択されています。アレイ化ライブラリーフォーマットは、ハイコンテント表現型解析や形態学的またはレポーターアッセイなど、シングルウェルで行う様々な表現型アッセイを可能にします。

  • ヒト・マウス用のデザイン済みcrRNAを、遺伝子ファミリーやパスウェイごとに分類して96あるいは384ウェルプレートに分注した製品です。
  • 遺伝子あたり4種類のデザイン済みcrRNAを混合したPoolフォーマットと、4種類をセットにしたSet of 4フォーマットをご用意しています。
  • 包装容量は0.1、0.25、0.5 nmol から選択可能です。
  • 製品形態は凍結乾燥品です。

 

ヒト マウス
製品 遺伝子数*1 遺伝子数*1
Edit-R – Cell Cycle Regulation 169 105
Edit-R – Cytokine Receptors 110 139
Edit-R – Deubiquitinating Enzymes 94 100
Edit-R – DNA Damage Response 240
Edit-R – Drug Targets 3,686
Edit-R – Druggable Genome*2 8,422
Edit-R – Epigenetics 835 724
Edit-R – G Protein-coupled Receptors 390 515
Edit-R – Genome 19,127
Edit-R – Ion channels 417 340
Edit-R – Membrane Trafficking 140 113
Edit-R – Nuclear Receptors 52 46
Edit-R – Phosphatases 248 273
Edit-R – Proteases 527 599
Edit-R – Protein Kinases 746 774
Edit-R – Transcription Factors 1,580 1,419
Edit-R – Tyrosine Kinases 90 92
Edit-R – Ubiquitin Enzymes 738 752

*1 参照するデータベースにより予告なく変更になる場合があります。

*2 Proteases、Protein Kinases、Phosphatases、Transcription Factors、Ubiquitin Enzymes、GPCRs、Ion Channels、Drug Target各ライブラリーをセットとした製品です。

 

Cherry-Pick CRISPR (knockout) crRNA Library

お客様が選択した遺伝子に対するデザイン済みEdit-R CRISPR (knockout) crRNAを、96あるいは384ウェルプレートに分注してお届けするサービスです。

  • Cherry-pick library toolは、お客様独自の実験ニーズに合わせてフレキシブルにライブラリーを選択し、プレートレイアウトをカスタマイズできます。
  • ご希望のウェルにコントロールを追加できます。
  • 遺伝子あたり4種類のデザイン済みcrRNAを混合したPoolフォーマットと、1配列毎に分注したIndividualフォーマットがあります。Individualフォーマットは1遺伝子につき1~5配列から選択できます。
  • 最低注文数:20ウェル分の製品(96ウェルプレートの場合)、40ウェル分の製品(384ウェルプレートの場合)
  • 製品形態は凍結乾燥品です。

 

製品 生物種 Size
Pool: Edit-R CRISPR (knockout) crRNA Cherry-pick Library

(4配列の混合物/ウェル)

Human,
Mouse
0.1, 0.25, 0.5, 1.0, 2.0 nmol

(1 poolあたり)

Individual: Edit-R CRISPR (knockout) crRNA Cherry-pick Library(1配列/ウェル) 0.1, 0.25, 0.5, 1.0, 2.0 nmol

(1 配列あたり)

 

Edit-R Arrayed Lentiviral sgRNA Library

  • Edit-R algorithmによる遺伝子ノックアウト効率と特異性の高いデザイン済みEdit-R CRISPR (knockout) sgRNAから選択されています。
  • デザイン済みEdit-R CRISPR (knockout) Lentiviral sgRNAベクターを導入した大腸菌の培養液にグリセロールを加えた溶液を、遺伝子ファミリーやパスウェイごとに分類して96ウェルプレートに分注した製品です。
  • 遺伝子あたり4種類のデザイン済みEdit-R CRISPR (knockout) Lentiviral sgRNAをご用意しています。
  • ヒト用のみです。

 

ヒト
製品 遺伝子数
Edit-R – Druggable Genome 7,826
Edit-R – Drug Targets 3,737
Edit-R – G Protein-coupled Receptors 381
Edit-R – Ion channels 348
Edit-R – Phosphatases 253
Edit-R – Proteases 478
Edit-R – Protein Kinases 698
Edit-R – Transcription Factors 1,507
Edit-R – Ubiquitin Conjugation 583

参照する遺伝子データベースにより予告なく変更になる場合があります。

 

Cherry-Pick CRISPR (knockout) Lentiviral sgRNA Clone Library

お客様が選択した遺伝子に対するデザイン済みEdit-R CRISPR (knockout) Lentiviral sgRNAベクター導入した大腸菌の培養液にグリセロールを加えた溶液を、96ウェルプレートに分注してお届けするサービスです。

  • Cherry-pick library toolは、お客様独自の実験ニーズに合わせてフレキシブルにライブラリーを選択し、プレートレイアウトをカスタマイズできます。
  • ご希望のウェルにコントロールを追加できます。
  • 最低注文数:20ウェル分の製品
  • 製品形態は凍結乾燥品です。

 

製品 生物種 Size
Edit-R CRISPR (knockout) Lentiviral sgRNA Cherry-pick Library Human, Mouse glycerol Stock

 

Edit-R Pooled Lentiviral sgRNA Library

Edit-R algorithmによる遺伝子ノックアウト効率と特異性の高いデザイン済みEdit-R CRISPR (knockout) Lentiviral sgRNAから選択されています。多数のターゲット遺伝子に対応した多種類のsgRNA発現用レンチウイルス粒子を混合したプール化sgRNAライブラリーは、DNAレベルで数百、数千の遺伝子をノックアウトする機能喪失スクリーニングを、NGSを用いることによって大規模なインフラを必要とせずに簡素化することができます。

  • ヒトおよびマウスの各ゲノムにわたる遺伝子あたり5〜10のsgRNAを幅広く網羅し、ヒットの信頼性と包括的なゲノムスクリーニングを向上します。
  • 使用する細胞に最適なEdit-RレンチウイルスCas9ヌクレアーゼ試薬と組み合わせて使用します。
  • 製品形態はレンチウイルス粒子です。

 

各Edit-RレンチウイルスsgRNAプール化スクリーニングライブラリには以下が含まれます。

  • 分注済みの5 x 10^ 8 TU / mL(±20%)のレンチウイルス粒子
  • 8 x 25 µL(合計200 µL):5000コンストラクト以下のライブラリーの場合
  • 16 x 25 µL(合計400 µL):5000コンストラクト以上のライブラリーの場合
  • NCBI参照配列データベースの遺伝子を標的とする遺伝子あたり5〜10個のsgRNA
  • ヒトおよびマウスのゲノム中のいかなる遺伝子もターゲットとしないことが生物情報学的に確認された100個のnon-targeting sgRNAネガティブコントロール。
  • 最大34のタンパク質をコードする遺伝子(1遺伝子あたり10 sgRNA)を標的とする、最大340の遺伝子特異的sgRNAポジティブコントロール。共通のリファレンス遺伝子(ACTB、GAPDH、LAMB1、およびPPIB)を含みます。
  • 遺伝子アノテーション、sgRNAターゲット配列、コントロールのリストなどのライブラリー情報を含むデータファイル

 

検証済みのプロトコールのために推奨される必要な試薬

  • 形質導入最適化のためのベクター対応Edit-RレンチウイルスsgRNAノンターゲッティングコントロール
  • それぞれ12種類のユニークなインデックスプライマーを含むEdit-R Pooled sgRNA Indexing PCR and Sequencing Primer Kit A/Bは、以下のための最適化されています。
    • ゲノムDNAを鋳型としたsgRNA配列のPCR増幅
    • ヒット識別のためのIlluminaフローセルを用いるハイスループット&マルチプレックス次世代DNAシーケンス

 

ヒト マウス
製品 遺伝子数 遺伝子数
Whole Genome 18,525 19,683
Druggable Genome 7359 9827
GPCR 378 498
Ion Channels 345 340
Protein Kinases 700 708
Phosphatases 247 269
Proteases 473 533
Ubiquitin Conjugation 564 517

参照する遺伝子データベースにより予告なく変更になる場合があります。

関連リンク

【本社サイト】CRISPRスクリーニングライブラリー

【本社サイト】Cherry-pick library tool

機能的ゲノミクススクリーニング

各種資料 / 情報

ハイコンテント分析スクリーニング実験におけるプール化した化学合成crRNAの有効性(英語)