Edit-R デザイン済みガイドRNA
Edit-R デザイン済みガイドRNAは、ターゲット遺伝子のゲノム編集を保証します。
シングルガイドフォーマット。複雑でゲノム編集が難しい細胞タイプに効果的です。
多くの細胞タイプで使用できる効率的なゲノム編集方法。化学合成tracrRNAと組み合わせて使用します。
トランスフェクションの困難な細胞において安定的にガイドRNAを発現します。
sgRNAとCas9ヌクレアーゼの両方を発現するレンチウイルスベクター
カスタムガイドRNA
40種以上の生物種に対応したガイドRNA、または代替ヌクレアーゼと共に使用するガイドRNAをデザインできます。
概要
ガイドRNAは特定のゲノム位置で切断するようにCas9ヌクレアーゼをプログラムします。効率的な遺伝子ノックアウトを実現するには、効果的なガイドRNAのデザインが重要です。
すべてのEdit-Rデザイン済みガイドRNA製品は、二本鎖DNA切断を作成するだけでなく、タンパク質の機能的なノックアウトの可能性を最大化するための検証済みアルゴリズムを使用してデザインされています。数千の配列デザインを用いて表現型を評価し、他のアッセイシステムでデザインルールを検証することにより、特異性が高く機能的なノックアウトを実現する可能性の高いターゲットサイトを決定するための基準を確立しました。
化学合成およびレンチウイルスのガイドRNAは、CRISPR Design Toolを使用して、様々な生物種、代替ヌクレアーゼ、または遺伝子内の特定の領域に合わせてカスタム設計することもできます。
CRISPR-Cas9システムにおけるガイドRNAの働き
CRISPR-Cas9システムは、Cas9ヌクレアーゼの発現に加えて特定のRNA分子を必要とし、ヌクレアーゼ活性をリクルートして目的の領域に向かわせます。これらのガイドRNAは、次の2つの形式のいずれかを取ります。
- 化学合成trans-activating CRISPR RNA (tracrRNA)と、目的の遺伝子ターゲット配列を切断するようにデザインされた化学合成CRISPR RNA (crRNA)の組み合わせ（図1a）
- 単一のコンストラクトとしてcrRNAとtracrRNAの両方で構成される化学合成または発現されたシングルガイドRNA (sgRNA)（図1b）
図1a crRNA:tracrRNA複合体によってプログラムされたCas9ヌクレアーゼが、PAM配列の上流5’側二本鎖DNAを切断する。
図1b sgRNAによってプログラムされたCas9ヌクレアーゼが、PAM配列の上流5’側二本鎖DNAを切断する。
選択ガイド
ガイドRNA選択ガイド
実験に最適なガイドRNAの種類の決定は、実施するアプリケーションと細胞の種類によって異なります。この表を使用して、特定の実験条件に適したガイドRNAフォーマットの選択をしてください。
| 化学合成
crRNA |
化学合成
sgRNA |
レンチウイルス
sgRNA |
レンチウイルス
All-in-one sgRNA |
|
|---|---|---|---|---|
| 目的の遺伝子のゲノム編集が保証されている | ✔ | ✔ | ✔ | ✔ |
| 様々な細胞種、ヌクレアーゼ、ゲノム編集位置に合わせてカスタム設計が可能 | ✔ | ✔ | ✔ | ✔ |
| エレクトロポレーションに対応したリボヌクレオタンパク質（Ribonucleoprotein：RNP） | ✔ | ✔ | ||
| エレクトロポレーションできないゲノム編集が困難な細胞への形質導入 | ✔ | ✔ | ||
| 抗生物質耐性マーカーによる細胞濃縮 | ✔ | ✔ | ||
| ワークフローを簡素化するためのオールインワンベクター（sgRNA + Cas9）が利用可能 | ✔ |
製品情報
Edit-R 化学合成ガイドRNA 製品
デザイン済みsynthetic sgRNA (化学合成sgRNA)
ゲノムワイドな化学合成sgRNAデザインは、目的の遺伝子のゲノム編集を保証します。デザインアルゴリズムは、タンパク質の機能的なノックアウトの可能性を最大化すると同時に、厳密な特異性チェックによりオフターゲット編集を最小限に抑えます。
- 化学合成sgRNAポジティブコントロールおよびPCRプライマー
特徴のはっきりした遺伝子をターゲットとする生物種特異的な化学合成sgRNA、およびミスマッチ検出アッセイプライマーを使用して、最大の効率でゲノム編集条件の有効性を測定します。
- 化学合成sgRNA non-targetingコントロール
ターゲット遺伝子特異的sgRNAの非存在下でCRISPR-Cas9コンポーネントに対するベースラインの細胞応答を評価するためのnon-targetingコントロールです。
デザイン済みsynthetic crRNA (化学合成crRNA)
ターゲットの編集が保証されています。ヒト、マウス、またはラットの遺伝子をゲノムワイドにカバーするためのアルゴリズムにより最適化されたcrRNAです。ヌクレアーゼ耐性修飾の導入により、DNAフリーのゲノム編集が改善されます。
- 化学合成crRNAポジティブコントロールおよびPCRプライマー
特徴のはっきりした遺伝子をターゲットとする種特異的な化学合成crRNA、およびミスマッチ検出アッセイプライマーを使用して、最大の効率でゲノム編集条件の有効性を測定します。
- 化学合成crRNA non-targetingコントロール
ターゲット遺伝子特異的crRNAの非存在下でCRISPR-Cas9コンポーネントに対するベースラインの細胞応答を評価するためのnon-targetingコントロールです。
tracrRNA
trans-activating CRISPR RNA（tracrRNA）はHPLCで精製した化学合成品で、Edit-R化学合成crRNAと組み合わせてCas9ヌクレアーゼをプログラムする長鎖RNAです。
crRNAライブラリー
よく研究される遺伝子のデザイン済みcrRNAコレクションをアレイ化したもので、アレイ化ノックアウトスクリーニングに使用します。
Cherry-pick ライブラリー
望ましい遺伝子リストが無い場合は、目的のターゲットでのノックアウト研究のために、デザイン済みガイドRNAのカスタムプレートをオーダーできます。
Edit-R all-in-one Lentiviral sgRNA
All-in-one Lentiviral sgRNA
効率的な遺伝子ノックアウトと比類のない特異性のためのCas9とsgRNAの組み合わせ。グリセロールストックおよび高力価精製ウイルス粒子として入手可能。
- All-in-one Lentiviral sgRNAポジティブコントロールおよびPCRプライマー
All-in-one lentiviral sgRNAコントロールは、DNA二本鎖切断と遺伝子編集効率を検証します。
- All-in-one Lentiviral sgRNA non-targetingコントロール
All-in-one Lentiviral sgRNA non-targetingコントロールは、ヒト、マウス、またはラットのゲノムの遺伝子を標的にしないようにバイオインフォマティクス的に設計されています。
Edit-R Lentiviral sgRNA products
デザイン済みLentiviral sgRNA (レンチウイルスsgRNA)
ターゲットの編集が保証されています。ヒト、マウス、またはラットの遺伝子をゲノムワイドにカバーするためのアルゴリズムにより最適化されたsgRNAです。高力価のレンチウイルス粒子またはグリセロールストックとして提供されます。
- Lentiviral sgRNA positiveポジティブコントロール
特徴のはっきりした遺伝子をターゲットとする生物種固有のsgRNAにより、最大の効率でゲノム編集条件の有効性を測定します。
- Lentiviral sgRNA non-targetingコントロール
ターゲット遺伝子特異的sgRNAの非存在下でCRISPR-Cas9コンポーネントに対するベースラインの細胞応答を評価するためのnon-targetingコントロールです。
プール化Lentiviral sgRNAライブラリー
ヒトおよびマウスの特定の遺伝子をセット化した高力価プール化スクリーニングライブラリーです。
アレイ化Lentiviral sgRNAライブラリー
lentiviral sgRNAライブラリーのアレイ化されたコレクションで、ヒト遺伝子ファミリー全体にわたるハイスループットノックアウトスクリーニング用に使用します。
ご希望のcrRNAまたはsgRNAを設計・注文
CRISPR Design Tool
使いやすいインターフェイスを使用して、カスタムガイドRNAの注文、またはご希望の化学合成sgRNA、crRNA、またはレンチウイルスsgRNAを設計して注文してください。
Edit-R HDR Donor Designerを使用してドナーDNAを設計・注文
HDR Donor Designer – oligo
挿入・欠失・置換のための一本鎖DNAドナーオリゴ（≤150 nt）をデザインし注文します。
HDR Donor Designer – plasmid
mKate2またはEGFP蛍光マーカー、またはその他のカスタム配列を挿入するためのホモロジーアームPCRプライマーをデザインし注文します。
HDR plasmid donor kits
HDR用のドナープラスミドを迅速かつ簡単に構築します。
HDR plasmid donor components
HDRドナープラスミドを迅速かつ効率的に構築
HDR plasmid donor primers
Edit-RプラスミドドナーキットのためのPCRコンポーネント
サポートデータ
Edit-Rアルゴリズムのスコアは、切断効率と相関する
10個の遺伝子について、機能スコアが高い10個のcrRNA（青いバー）と、同じ遺伝子について、機能スコアが低い10個のcrRNA（黄色のバー）を、次世代シーケンサーによってゲノム編集効率を見るためにテストしました。高スコアのcrRNAの93％について40％以上の編集（挿入または欠失）が確認できました。一方、低スコアのcrRNAの32％について40％以上の編集（挿入または欠失）が確認できました。0.25 µL /ウェルのDharmaFECT 1を使用して、Cas9-HEK293T細胞株に50 nM crRNA:tracrRNAをトランスフェクトしました。トランスフェクションの72時間後、細胞を溶解し、各crRNA部位にまたがるNexteraトランスポゾン適合アンプリコンを、処理したサンプルごとに生成しました。トランスフェクトされていないサンプルからのマッチしたコントロールアンプリコンも同時に生成しました。Nextera 96-well index kitを使用してサンプルのインデックスを作成し、MiSeq（ペアエンドリード、リード長2 x 300bp）でのシーケンス用にプールしました。NGS品質フィルタリング基準に合格したリードは、参照ファイル（Bowtie2 v2.1.0）に配列されました。完全なリードの割合が計算され、コントロールのトランスフェクトされていないサンプル（Samtools v0.1.12a）に対して正規化されました。 データは編集された正規化された割合として表示されます。
アルゴリズムの機能スコアが高いcrRNAは、他の機能アッセイでも良好に機能する
CAGプロモーターの下流にCas9が組み込まれたU2OS-プロテアソーム細胞を96ウェルプレートに1ウェルあたり10,000細胞で播種しました。プレーティングの24時間後、0.2 µg /ウェルのDharmaFECT4を使用して、細胞に25 nM crRNA:tracrRNAをトランスフェクトしました。 ApoONEホモジニアスアッセイ（Promega）を使用して、トランスフェクションの48時間後にアポトーシスについて細胞を分析しました。ApoONEアッセイでBCL2L1、PLK1、またはWEE1をターゲットとするcrRNAの機能をボックスプロットで表しています。crRNAを機能スコアに基づいて下半分（H1）と上半分（H2）に分割して、ボックスプロットを作成しました。中央値、下位四分位と上位四分位間のデータの分布、および最小値と最大値は、スコアの高いcrRNAは機能が向上していることを示しています。