CRISPRコントロールと検出プライマー
ゲノム編集効率を最大化する実験条件検討に使用します。
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概要
CRISPR-Cas9ゲノム編集実験における効果的なコントロールの重要性
CRISPR-Cas9ゲノム編集システムでは、効果的な遺伝子ノックアウトのために複数のコンポーネント（ガイドRNAとCas9ヌクレアーゼ）を細胞に導入する必要があります。いずれかのコンポーネントの量が不十分な場合、ゲノム編集が不十分になります。
ミスマッチアッセイにおいて検証済みの検出プライマーを使用した種特異的ポジティブコントロールを使用すると、CRISPR-Cas9ゲノム編集のより良い実験条件の適合性を検証し、継続して行われる実験における優れたトランスフェクションの指標として機能します。
数種類のNon-targetingコントロールは、潜在的な非特異的効果の評価を可能にし、細胞タイプとアッセイに最適なネガティブコントロールを選択できます。
Horizonの検出プライマーを使用したDNAミスマッチ検出アッセイ（SURVEYOR®またはT7EI）は、クローン細胞またはクローン化前のプール細胞における遺伝子ノックアウトの結果を評価するための比較的高速でハイスループットな方法です。それらは挿入と欠失の相対的なパーセンテージしか評価できませんが（機能的なタンパク質ノックアウトではありません）、次の場合に役立ちます。
- トランスフェクション条件の最適化
- Cas9ヌクレアーゼ発現を駆動するための最適なプロモーターの決定
製品情報
使用するガイドRNAに合わせてCRISPRコントロール製品をご確認ください。
Edit-R synthetic sgRNA（化学合成sgRNA）
ポジティブコントロールと検出プライマー
特徴のはっきりした遺伝子を標的とする種特異的な化学合成sgRNAおよびミスマッチ検出アッセイプライマーを使用して、ゲノム編集効率を最大化する実験条件を検討するために使用します。
Edit-R Lethal sgRNA コントロールは、一度にゲノム内の何千もの箇所を標的とすることによって細胞を死滅させるように設計されており、Cas9およびガイドRNA依存性であるため、これらのsgRNAコントロールを用いてCas9の機能性とcrRNA導入効率の両方をモニターすることができます。Edit-R Lethal sgRNA ＃1は非常に強力な細胞死を誘導し、＃2は中程度の細胞死を誘導します。これらの２つのコントロールは幅広いダイナミックレンジに対応しており、様々なヒト・マウス細胞においてsgRNA導入条件の至適化を可能にします。
Non-targetingコントロール
標的遺伝子特異的sgRNAの非存在下でCRISPR-Cas9コンポーネントに対するベースラインの細胞応答を評価するためのnon-targetingコントロールです。
| 製品 | 生物種 | Size |
|---|---|---|
| ポジティブコントロールSynthetic sgRNA | ||
| Edit-R PPIB Synthetic sgRNA Positive Control | Human, Mouse | 2, 5 nmol |
| Edit-R DNMT3B Synthetic sgRNA Positive Control | ||
| Edit-R PPIB Synthetic sgRNA Control Kit＊ | ||
| Edit-R DNMT3B Synthetic sgRNA Control Kit＊ | ||
| Edit-R Lethal Synthetic sgRNA Control #1, #2＊＊ | Human, Mouse | 2, 5 nmol |
| ネガティブコントロールSynthetic sgRNA | ||
| Edit-R Synthetic sgRNA Non-targeting Control #1～5 | － | 2, 5 nmol |
＊ DNAミスマッチ検出アッセイにおける検証済みPCRプライマーをセットとしたKit製品です。
＊＊ Cas9の機能性とsgRNA導入効率のモニター用ポジティブコントロールSynthetic sgRNAです。
【本社サイト】Edit-R synthetic sgRNA positive controls and kits
【本社サイト】Edit-R synthetic sgRNA non-targeting controls
Edit-R synthetic crRNA（化学合成crRNA）
ポジティブコントロールと検出プライマー
特徴のはっきりした遺伝子を標的とする種特異的な化学合成crRNA、およびミスマッチ検出アッセイプライマーを使用して、ゲノム編集効率を最大化する実験条件を検討するために使用します。
Edit-R Lethal crRNA コントロールは、一度にゲノム内の何千もの箇所を標的とすることによって細胞を死滅させるように設計されており、Cas9およびガイドRNA依存性であるため、これらのcrRNAコントロールを用いてCas9の機能性とcrRNA導入効率の両方をモニターすることができます。Edit-R Lethal crRNA ＃1は非常に強力な細胞死を誘導し、＃2は中程度の細胞死を誘導します。これらの２つのコントロールは幅広いダイナミックレンジに対応しており、様々なヒト・マウス細胞においてcrRNA導入条件の至適化を可能にします。
Non-targetingコントロール
標的遺伝子特異的crRNAの非存在下でCRISPR-Cas9コンポーネントに対するベースラインの細胞応答を評価するためのnon-targetingコントロールです。
| 製品 | 生物種 | Size |
|---|---|---|
| ポジティブコントロールcrRNA | ||
| Edit-R PPIB Synthetic crRNA Positive Control | Human, Mouse | 5, 20 nmol |
| Edit-R DNMT3B Synthetic crRNA Positive Control | ||
| Edit-R PPIB crRNA Positive Control Kit＊ | ||
| Edit-R DNMT3B crRNA Positive Control Kit＊ | ||
| Edit-R Lethal crRNA Control #1, #2＊＊ | Human, Mouse | 5, 20, 50 nmol |
| ネガティブコントロールcrRNA | ||
|
Edit-R crRNA Non-targeting Control #1～5 |
－ | 5, 20 nmol |
＊ DNAミスマッチ検出アッセイにおける検証済みPCRプライマーをセットとしたKit製品です。
＊＊ Cas9の機能性とcrRNA導入効率のモニター用ポジティブコントロールcrRNAです。
【本社サイト】Positive synthetic crRNA controls and detection primers
【本社サイト】Synthetic crRNA non-targeting controls
Edit-R lentiviral sgRNA
ポジティブコントロールと検出プライマー
特徴のはっきりした遺伝子を標的とする種特異的なsgRNAを使用して、ゲノム編集効率を最大化する実験条件を検討するため使用します。
Non-targetingコントロール
標的遺伝子特異的sgRNAの非存在下でCRISPR-Cas9コンポーネントに対するベースラインの細胞応答を評価するためのnon-targetingコントロールです。
| 製品 | 生物種 | Size |
|---|---|---|
| ポジティブコントロールsgRNA | ||
| Edit-R PPIB Lentiviral sgRNA Positive Control | Human, Mouse | 2 x 25 µL, 10^8 TU/mL, glycerol stock＊ |
| Edit-R DNMT3B Lentiviral sgRNA Positive Control | ||
| Edit-R PPIB Lentiviral sgRNA Positive Control Kit＊＊ | ||
| Edit-R DNMT3B Lentiviral sgRNA Positive Control Kit＊＊ | ||
| ネガティブコントロールsgRNA | ||
|
Edit-R Lentiviral sgRNA Non-targeting Control #1～10 |
－ | 2 x 25 µL, 10^8 TU/mL,
glycerol stock＊ |
＊ sgRNAを発現するレンチウイルスベクターを導入した大腸菌の培養液にグリセロールを加えたものです。レンチウイルスベクターのパッケージングにはTrans-Lentiviral Packaging Kitがおすすめです。
＊＊ DNAミスマッチ検出アッセイにおける検証済みPCRプライマーをセットとしたKit製品です。
【本社サイト】Edit-R lentiviral sgRNA positive controls and kits
【本社サイト】Edit-R lentiviral sgRNA non-targeting controls
Edit-R All-in-one lentiviral sgRNA
ポジティブコントロールと検出プライマー
All-in-oneレンチウイルスsgRNA用コントロールにより、DNA二本鎖切断と遺伝子編集効率を検証します。
Non-targetingコントロール
All-in-oneレンチウイルスsgRNAコンストラクトは、ヒト、マウス、またはラットのゲノム内の遺伝子を標的としないようにバイオインフォマティクスによって設計および検証されています。
| 製品 | Selection | 生物種 | プロモーター | Size |
|---|---|---|---|---|
| ポジティブコントロールsgRNA | ||||
| Edit-R All-in-one PPIB Lentiviral sgRNA Positive Control | Puromycin耐性遺伝子,
EGFP |
Human,
Mouse |
mCMV,
hEF1a |
50 µL, 10^7 TU/mL, glycerol stock＊ |
| Edit-R All-in-one DNMT3B Lentiviral sgRNA Positive Control | ||||
| Edit-R All-in-one PPIB Lentiviral sgRNA Positive Control Kit＊＊ | ||||
| Edit-R All-in-one DNMT3B Lentiviral sgRNA Positive Control Kit＊＊ | ||||
| ネガティブコントロールsgRNA | ||||
|
Edit-R All-in-one Lentiviral sgRNA Non-targeting Control #1～5 |
Puromycin耐性遺伝子,
EGFP |
ー | mCMV,
hEF1a |
50 µL, 10^7 TU/mL, glycerol stock＊ |
＊ sgRNAを発現するレンチウイルスベクターを導入した大腸菌の培養液にグリセロールを加えたものです。レンチウイルスベクターのパッケージングにはTrans-Lentiviral Packaging Kitがおすすめです。
＊＊ DNAミスマッチ検出アッセイにおける検証済みPCRプライマーをセットとしたKit製品です。
【本社サイト】Edit-R all-in-one lentiviral sgRNA positive controls and kits
【本社サイト】Edit-R all-in-one lentiviral sgRNA non-targeting controls
サポートデータ
ヒトおよびマウス細胞におけるPPIBの効果的なゲノム編集
ポジティブコントロールcrRNAとPPIBをターゲットとする検出プライマーを使用することによって、Cas9ヌクレアーゼの発現を駆動するための最適なプロモーターを決定できます。（A）ヒト組換えU2OSユビキチン-EGFPプロテアソーム細胞株（Ubi [G76V] -EGFP）、および（B）マウス線維芽細胞（NIH/3T3）に、図中に示されたプロモーターによって駆動されるるCas9およびブラストサイジン耐性遺伝子を含むレンチウイルス粒子を安定的に形質導入しました。Cas9-blastRが安定して組み込まれた細胞集団を、トランスフェクションの前に最低10日間、ブラストサイジンで選択培養しました。ヒトPPIB／マウスPpibを標的とする50 nM化学合成crRNA:tracrRNAを、DharmaFECT 1およびDharmaFECT 3トランスフェクション試薬をそれぞれ使用して細胞にトランスフェクトしました。72時間後、トランスフェクトされた細胞から抽出されたゲノムDNAに対してT7EIを使用したDNAミスマッチ検出アッセイに基づいてゲノム編集の相対頻度を計算しました。