カスタムsiRNA合成
siRNAのカスタム合成がこれまでになく簡単になりました。
ご要件に見合うデザイン済みsiRNA製品が無い場合には、オンラインデザインツールと豊富な合成オプションを使用して、アプリケーションに固有のカスタムsiRNAをご設計ください。修飾、サイズ、および精製オプション等の様々な組み合わせをオンラインで設計 / ご注文いただけます。
注：RNA / DNA合成の前臨床規模または受託製造、標準ではない生物種等をお考えの場合は、カスタムsiRNA以外のページからのご注文となります。
- カスタムsiRNA合成
修飾または非修飾siRNAの両方を注文いただけます。特許取得済みの化学修飾（ON-TARGET、ON-TARGETplus、siSTABLE、またはAccell）および追加のカスタム修飾が利用可能です。
まとまった量のRNA / DNA合成の前臨床アプリケーション向けまたは受託製造（OEM）サービスをご希望の場合は、 こちらをご覧ください。
標準ではない生物種、特定のスプライスバリアント、または遺伝子ファミリーや生物種全体の相同領域の遺伝子をターゲットとするsiRNAの設計をご希望の場合は、siDESIGNセンターをご利用ください。
Custom siRNAデザインツールへ
【本社サイト】カスタムsiRNA合成
以下に【本社サイト】カスタムsiRNA合成の内容をご説明しています。カスタムsiRNA合成の設計 / ご注文の際に参考としてください。タブをクリックすると、ダイレクトにそのセクションが表示されます。
カスタムsiRNA合成概要
siRNA収量表
未修飾のsiRNAの場合、次のような概算収量が期待できます。
| Standard (A4) | Purified | in vivo | in vivo HPLC | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| nmol | mg | nmol | mg | nmol | mg | nmol | mg | |
| 0.025 µmol scale | 20 | 0.25 | – | – | – | – | – | – |
| 0.05 µmol scale | 40 | 0.5 | 20 | 0.25 | 25 | 0.3 | – | – |
| 0.2 µmol scale | 150 | 2 | 80 | 1 | 100 | 1.3 | 50 | 0.65 |
| 0.4 µmol scale | 300 | 4 | 160 | 2 | 200 | 2.6 | 100 | 1.3 |
| 1.0 µmol scale | 750 | 10 | 320 | 4 | 500 | 6.6 | 250 | 3.3 |
| 2.0 µmol scale | 1500 | 20 | 750 | 10 | 1000 | 13 | 500 | 6.6 |
| 5.0 µmol scale | 3750 | 50 | 1875 | 25 | 2500 | 33 | 1250 | 16 |
| 10.0 µmol scale | 7500 | 100 | 3750 | 50 | 5000 | 66 | 2500 | 33 |
専門家チームによるsiRNA設計支援が利用可能です。
当社には、RNAi研究を強化するためのさまざまな代替siRNA設計が備わっています。
ヒト、マウス、またはラットのモデルをご使用の場合は、デザイン済みsiRNA製品がすでに有る可能性があります。Horizonの本社Websiteの上部の検索バーで遺伝子を検索してみてください。
私たちがサポートする代替siRNAデザインには以下が含まれます：
- ブラントエンド
- 非対称
- より長い二本鎖（23 nt以上）
- ミスマッチストランド
- 代替塩基またはリンケージ
必要なものが見つからない場合、オンライン注文では入手できない追加の仕様が必要な場合、または更にサポートが必要な場合は、テクニカルサポートにお問い合わせください。
独自開発のsiRNA
様々なsiRNAソリューション（特異性、安定性、またはセルフデリバリー等）をご用意しています。
より性能が向上しているカスタムsiRNAをご使用いただくために、当社独自の化学修飾パターンを1つご選択ください。
独自仕様およびその他のすべてのsiRNA修飾は、カスタムsiRNA合成リクエストを通じてご利用いただけます。
| ON-TARGET | ON-TARGETplus | Accell | siSTABLE | |
|---|---|---|---|---|
| RISCによるセンス（passenger）鎖の取り込みを阻害 | ✔ | ✔ | ✔ | ✔ |
| ターゲットへの特異性を高めるためのアンチセンス鎖seed領域の修飾 | ✔ | |||
| エンドヌクレアーゼおよびエキソヌクレアーゼによる分解に耐性 | ✔ | ✔ | ||
| トランスフェクション試薬不要で細胞へ導入 | ✔ | |||
| デザイン済みsiRNAとしても提供 | ✔ | ✔ |
ON-TARGET修飾により、アンチセンス鎖バイアスが保証されます。
ON-TARGET修飾は、センス（passenger）鎖がRISCによって取り込まれるのをブロックすることにより、アンチセンス鎖のRISCへの取り込みを促進します。これは、アンチセンス（guide）鎖のRISCへの取り込みを確実にするための優れたな方法です。すべての独自のsiRNA修飾（ON-TARGETplus、Accell、siSTABLE）は、このセンス鎖修飾を含み、アンチセンス（ガイド）鎖によるノックダウンを促進します。
オフターゲットを減らすためのON-TARGETplus siRNA二本鎖修飾パターン
2006年の論文は、オフターゲット効果が主にアンチセンス鎖seed活性によって引き起こされることを示しています1。したがって、センス鎖の不活性化だけでは、オフターゲット遺伝子の総数は減少しません。ON-TARGETplus修飾は、siRNAの両方の鎖を考慮しています。
- センス鎖は、RISCとの相互作用を妨げ、アンチセンス鎖のRISCへの取り込みを促進するように修飾されています。
- アンチセンス鎖seed領域は、seed関連のオフターゲットを最小限に抑えるように修飾されています。
ON-TARGETplusの修飾パターンは、オフターゲットを劇的に減少します。図のsiRNAによって誘発されたオフターゲット効果は、マイクロアレイ分析を使用して定量化されました。各ターゲットに対して、3つの異なるsiRNAが使用されました（未修飾、センス鎖不活性化、およびON-TARGETplus修飾）。データは、2倍以上ダウンレギュレートされている遺伝子を表しています。HEK293細胞に0.2µLのDharmaFECT1を使用して100 nM siRNAをトランスフェクトしました。データは24時間で分析しました。
1 Jackson, A.L. et al. “Position-specific Chemical Modification Increases Specificity of siRNA-mediated Gene Silencing.” RNA 12.7 (2006) 1197-1205.
トランスフェクション試薬不要の心筋細胞におけるAccell siRNA送達と遺伝子ノックダウン
新生児ラット心室筋細胞を、1 µM Accell Green（A; Cat# D-001950-01）またはRed（B; Cat# D-001960-01）Non-targeting siRNAとともに、Accell delivery media（ Cat# B-005000）で72時間インキュベートしました。核はDAPI（青）で染色されました。標識されたコントロールの取り込みは、ほぼすべての細胞でびまん性の細胞質局在を示しました。
棒グラフは、新生児ラット脳室筋細胞（NRVM）培地またはAccell delivery mediaを用いて、で使用した場合の、Accell GAPD Control siRNA（Cat＃D-001930-03）およびPool（Cat＃D-001930-30）コントロール試薬による遺伝ノックダウンを行った場合のGAPDH mRNA発現レベルを示しています。
筋細胞は、Maass AH＆Buvoli M.心筋細胞の調製、培養、および遺伝子導入に記載されているように調製しました（Methods Mol Biol. 2007;366: 321-30.）。mRNA発現はQuantiGene branched DNAアッセイ（Panomics）によって決定しました。
siSTABLEで修飾されたsiRNAはヌクレアーゼによる分解に抵抗します。
従来のsiRNAは血清を含む環境で数分以内に分解されるため、in vivoでのsiRNAの使用には問題がありました。このグラフは、siSTABLE修飾パターンが、Stealth RNAi（Invitrogen）と比較して、100％ヒト血清の存在下でsiRNAの半減期を劇的に延長することを示しています。
Accell siRNAには、これらの安定性を高める修飾が含まれているだけでなく、トランスフェクション試薬不要でトランスフェクションが困難な細胞にデリバリーすることができます。
標識可能な色素
*一部の3’色素ラベルは、ご要望の場合にのみ利用できます。
上記の表に記載されている色素オプションのいくつかは、他のオプションよりも高いオリゴ収量を得られます。アプリケーションに最適な色素ラベルの選択については、テクニカルサポートにお問い合わせください。実験に代替色素が必要になることがすでにわかっている場合は、オンラインで見積もりをリクエストすることもできます。
AlexaFluor®は、Invitrogen Corporationの登録商標です。
修飾と価格
蛍光色素に加えて、siRNAと一本鎖RNAの両方に適用できる他の化学修飾の幅広いポートフォリオを提供しています。
オフターゲット、セルフデリバリー、ヌクレアーゼ耐性を低減するための特殊な修飾パターンについては、「独自のsiRNA」の項をご覧ください。
siRNAは、いずれの鎖のいずれの端でも修飾できます。複数の修飾も可能ですが、可否はシーケンスまたは他の要因に依存する場合があります。詳細については、テクニカルサポートにお問い合わせください
特殊なカスタム合成アプリケーション向けに、さまざまなオリゴヌクレオチド修飾を提供します。オンライン注文の可否については、リンクより本社Website の表をスクロールしてご確認ください。
注：オンラインでご注文いただけない修飾もあります。サポートが必要な場合は、テクニカルサポートにお問い合わせください。
詳細はリンクより本社Websiteをご参照ください。価格は米国における価格です。日本における価格はオンラインまたはリクエストによりお見積りの上ご確認ください。
修飾と価格
一本鎖RNAの標準的な修飾は、リクエストに応じてsiRNAに適用することもできます。siRNAの追加の修飾やオプションについては、テクニカルサポートにお問い合わせ、またはお見積りをご請求ください。
精製
精製を追加しなくても、未修飾のsiRNA鎖の純度は通常80〜85％に達します。
次の場合は、化学合成siRNAの精製が推奨される場合があります。
- 3’末端または内部で化学的に修飾されている場合
- 同じ鎖で複数の修飾が施されている場合
- 高感度アッセイまたはin vivoアプリケーションでの使用を目的とする場合
未精製材料の精製または純度推定に関する推奨事項については、テクニカルサポートまでお問い合わせください。
siRNA処理オプション：
| Single Strands (A1) | Standard (A4) | HPLC | In vivo | In vivo HPLC | |
|---|---|---|---|---|---|
| Desalted | ✔ | ✔ | ✔ | ✔ | |
| Deprotected | ✔ | ✔ | ✔ | ✔ | |
| Duplexed | ✔ | ✔ | ✔ | ✔ | |
| Purified | ✔ | ✔ | |||
| Endotoxin tested | ✔ | ✔ | |||
| Sodium counter-ion exchange | ✔ | ✔ | |||
| Recommended for modified siRNA (dyes, etc.) | ✔ | ✔ | |||
| Recommended for in vivo use | ✔ | ✔ | |||
| Desalted | ✔ |
siRNA処理について
- Desalted（脱塩）：siRNA二本鎖はエタノール沈殿またはC18カラム脱塩のいずれかによって脱塩されています。
- Deprotected（脱保護）：RNA塩基の2′-ACE保護基が除去（脱保護）されています。
- Duplexed（二本鎖）：2つの相補的なsiRNA鎖がアニーリングされ、二本鎖が形成されています。
- Single-strand（一本鎖）(A1)：siRNAは、センス鎖とアンチセンス鎖が別々のチューブで提供されます。個々のストランドは脱塩または脱保護されていません。
- Standard（標準）（A4）：siRNAは脱塩および脱保護された二本鎖として提供され、再懸濁後にすぐに使用できます。
- HPLC：siRNA二本鎖は精製のためにイオン交換高速液体クロマトグラフィーを受けています。
- in vivo：siRNA二本鎖は、対イオン（Na +）交換、脱塩、滅菌ろ過、およびエンドトキシンテストによって処理されています。
- in vivo HPLC：二本鎖はin vivoプロセッシングとHPLC精製の両方を受けています。
in vivo RNAi
RNAiテクノロジーの業界リーダーと提携して、最高品質のin vivo対応RNAi試薬をご利用ください。
Horizonは、皆様のin vivo実験が確実に成功することを願っています。実験計画を支援するために、次のオプションとガイダンスを提供しています。
In vitroでのsiRNAの評価を推奨します
- 動物モデルを使用した費用のかかる実験を開始する前に、in vitro実験で高機能のsiRNAデザインを特定することをお勧めします。
- デザイン済みの4つのsiRNA試薬のセットは、複数のsiRNA配列をテストするのに理想的です。
- Individual：ヒト、マウス、ラットのすべての遺伝子に対して配列デザインの異なる4種類のsiRNAをご用意しています。4種類からいずれかのsiRNAをご注文ください。
- SMARTpool：１つの遺伝子に対して配列デザインの異なる4種類のsiRNAを１つのチューブにプールし、ご提供する製品です。
- Set of 4：4個のsiRNAを、個別のチューブに入れ、チューブ4本でセットとした製品です。
ヌクレアーゼ耐性を強化するための独自のsiRNA修飾パターンを検討してください
- siSTABLE修飾は、エキソヌクレアーゼおよびエンドヌクレアーゼによる分解を防ぎます。siSTABLEは、siRNAが動物血清などのヌクレアーゼが豊富な生物学的環境にさらされる場合に推奨されます。
- Accell修飾は、安定性の強化に加えて、導入を強化する独自技術が組み込まれています。ご研究対象の細胞または組織タイプが標準的な導入モードに適していない場合は、Accellをお勧めします。
- in vivo 実験にsiSTABLEおよびAccell修飾siRNAを使用した最新の論文リストを参照してください。
必要なsiRNAの総量を注意深く計算します
- 各コホートの動物の数、必要な処理法または用量の数、および各用量に必要なsiRNAの量を考慮してください。
- in vivo実験は通常、大量のsiRNAを必要とします。合成規模は、オンラインでは最大100mgに対応できます。それ以上の場合には、お問い合わせよりご要望をお知らせください（最大10gまで対応可能）。
- nmolからmgへの変換は、siRNA収量表をご参照ください。
動物への毒性が懸念される場合は、siRNAのin vivoプロセシングを検討してください
- 対イオン（Na +）交換、滅菌ろ過、脱塩、エンドトキシンテストなどの特殊な合成後siRNA処理手順
- HPLC精製の有無にかかわらず利用できます。詳細については、siRNA処理オプションをご確認ください。
- in vivo実験の重要な考慮事項の詳細については、テクニカルノート「in vivo RNAi: Biodistribution, Delivery, and Applications」を参照してください。